Effektive Visualisierungs- und Interaktionsmechanismen für die Exploration neuronaler Strukturen der Fruchtfliege
Diplomarbeit
Aufgabe
Im Rahmen einer Masterarbeit an der Züricher Hochschule der Künste (ZHdK) wurden Konzepte für die Visualisierung und interaktive Exploration der Neuronalen Strukturen der Fruchtfliege entwickelt. Diese sollen nun, soweit möglich realisiert und in ein bereits bestehendes Framework eingebaut werden.Details
Die Arbeit wird in Rahmen eines Forschungsprojektes des VRVis mit dem Institut für molekulare Pathologie (IMP) in Wien realisiert. Das IMP beschäftigt sich mit der Erforschung von Zusammenhängen zwischen Genetik und Verhalten von Fruchtfliegen. Hierfür wird eine große Datensammlung angelegt, die konfokale Mikroskopiebilder des Gehirns und Informationen zu den darin vorhandenen Neuronen enthält.
In den vergangenen Jahren wurde im Rahmen des Projekts bereits gemeinsam eine komplexe Infrastruktur für das Datenmanagement, Vorverarbeitung, Visualisierung und Exploration entwickelt. Die verwendeten Visualisierungkonzepte sind bis jetzt allerdings relativ einfach gehalten und sind nicht Aufgaben- bzw. Workflowspezifisch. In Zusammenarbeit mit einer Diplomandin der Zhdk wurden einige Konzepte und Entwürfe entwickelt, die eine bessere Erfassung von Zusammenhängen zwischen den vorhandenen 3D Daten ermöglichen. Diese sollen nun im Rahmen einer Diplomarbeit auch technisch umgesetzt werden.
Dabei wird besonderer Wert auf die Effektivität der Visualisierung und Interaktion im Zusammenhang mit der täglichen Arbeit der Biologen gelegt. Am Ende soll eine wesentliche Verbesserung der Klarheit der Darstellung und der Interaktionsmechanismen im Vergleich zum ursprünglichen Zustand der Applikation stehen.
Die Diplomarbeit wird am VRVis in Zusammenarbeit mit dem Institut für Computergraphik und Algorithmen (Stefan Bruckner, Prof. Gröller) und dem IMP durchgeführt.
Voraussetzung
- Gute Programmierkenntnisse in C++, OpenGL, GLSL, evtl. QT
- Ein gutes Händchen für klare und ästhetische Visualisierungen
- Interesse sich in die biologischen Hintergründe einzuarbeiten und die Wünsche und Anforderungen der Biologen zu verstehen und umzusetzen
